Dopady celosvětové ekonomické a finanční krize se v provozu karlovarského letiště projevily až ve druhé polovině roku 2009. Zatímco ke konci května ještě letiště vykazovalo nárůst počtu cestujících téměř o 5%, na konci roku se již jednalo o pokles ve výši 10%. V loňském roce tak letiště v Karlových Varech registrovalo celkem 68 369 cestujících, z toho přímých cestujících, kteří procházejí terminálem, odbavilo 63 231, což je o 10,46% méně než v roce 2008.
Tradiční ruská klientela zůstává i nadále nejvýznamnější ve struktuře cestujících využívajících karlovarské letiště. Na pravidelných linkách do Moskvy přepravily letecké společnosti ČSA a AEROFLOT celkem 48 945 cestujících, což je o necelá 3% méně, než v roce 2008. Na pravidelných linkách do Petrohradu přepravila společnost ČSA celkem 9 681 cestujících, což je o téměř 8% méně než v roce 2008. Celkově tak segment pravidelných letů do Ruské federace ztratil jen 3,5% cestujících, což je s ohledem na danou situaci poměrně dobrý výsledek.
Oproti tomu byl zaznamenán výrazný propad v segmentu charterových sezónních letů do přímořských letovisek, kdy došlo k výraznému snížení nabídky destinací s odletem z Karlových Varů kvůli obavám cestovních kanceláří ze snižující se poptávky. V nabídce tak zůstaly v roce 2008 jen dvě destinace: řecký Rhodos a turecká Antalya. Počet cestujících, které přepravila společnost Travel Service z Karlových Varů na Rhodos a zpět v roce 2009 (1 280 cestujících), se však zvýšil o téměř 6% proti roku 2008 (1 209 cestujících), což svědčí o oblíbenosti dané destinace a reálném potenciálu tohoto trhu i v době krize. Na charterových letech do turecké Antalye bylo v roce 2009 odbaveno celkem 1 448 cestujících, což je proti roku 2008 (1 690 cestujících) pokles o 14%.
Další standardní ukazatel výkonů letiště, počet pohybů letadel na karlovarském letišti, dosáhl na konci roku 2009 hodnoty 7 632 vzletů a přistání. V roce 2008 to za stejné období bylo 5 575 pohybů, což znamená nárůst o téměř 37%. Tento údaj byl ovlivněn zejména nárůstem počtu pohybů letadel všeobecného letectví díky vstřícné cenové politice provozovatele letiště i Řízení letového provozu ČR, s.p. směrem k výcvikovým letům malých letadel do 2t vzletové hmotnosti a zvýšení aktivity místních uživatelů letiště.
Počet pohybů v rámci obchodní letecké dopravy dosáhl v roce 2009 hodnoty 1 442 startů a přistání, což znamená oproti roku 2008 pokles o 8%. Podíl těžších letadel však zůstal prakticky na stejné úrovni, např. v kategorii nad 50tun se v roce 2009 uskutečnilo 842 pohybů oproti 840 pohybů v roce 2008.
